О фильме  Звездный линкор под названием «Ямато» получает важную миссию. Он должен отправиться к далекой планете Искандер, чтобы спасти истощенную и зараженную радиацией Землю. После ужасной войны с пришельцами из дальнего космоса наша планета превратилась в выжженную пустыню, а высокий уровень радиации стал причиной многочисленных мутаций. На Искандере есть некий нейтрализатор, который может предотвратить гибель Земли…